2023
Journal articles
- titre
- Machine learning identifies a profile of inadequate responder to methotrexate in rheumatoid arthritis
- auteur
- Julien Duquesne, Vincent Bouget, Paul-Henry Cournede, Bruno Fautrel, Francis Guillemin, Pascal de Jong, Judith Heutz, Samuel Bitoun, Marloes Verstappen, Annette van der Helm-van Mil, Xavier Mariette
- article
- Rheumatology, 2023, 62 (7), pp.2402-2409. ⟨10.1093/rheumatology/keac645⟩
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-
- titre
- BR55 Ultrasound Molecular Imaging of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Reflects Tumor Vascular Expression of VEGFR-2 in a Patient-Derived Xenograft Model
- auteur
- Jean Courcier, Ingrid Leguerney, Baya Benatsou, Sibylle Pochon, Isabelle Tardy, Laurence Albiges, Paul-Henry Cournède, Alexandre de la Taille, Nathalie Lassau, Alexandre Ingels
- article
- International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (22), pp.16211. ⟨10.3390/ijms242216211⟩
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-
- titre
- Optimizing IFN Alpha Therapy against Myeloproliferative Neoplasms
- auteur
- Gurvan Hermange, Paul-Henry Cournède, Isabelle Plo
- article
- Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics, 2023, 387 (1), pp.31-43. ⟨10.1124/jpet.122.001561⟩
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-
- titre
- A biology-driven deep generative model for cell-type annotation in cytometry
- auteur
- Quentin Blampey, Nadège Bercovici, Charles-Antoine Dutertre, Isabelle Pic, Joana Mourato Ribeiro, Fabrice André, Paul-Henry Cournède
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2023, 24 (5), ⟨10.1093/bib/bbad260⟩
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-
- titre
- Better than RECIST and Faster than iRECIST: Defining the Immunotherapy Progression Decision Score to Better Manage Progressive Tumors on Immunotherapy
- auteur
- Younes Belkouchi, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, Littisha Lawrance, Siham Farhane, Rahma Feki-Mkaouar, Joya Hadchiti, Lama Dawi, Julien Vibert, Paul-Henry Cournède, Clara Cousteix, Camille Mazza, Michele Kind, Antoine Italiano, Aurelien Marabelle, Samy Ammari, Stephane Champiat
- article
- Clinical Cancer Research, 2023, 29 (8), pp.1528-1534. ⟨10.1158/1078-0432.CCR-22-0890⟩
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-
Conference papers
- titre
- 1022MO Predicting overall survival of patients with melanoma and NSCLC treated with immunotherapy using AI combining total tumor volume and tumor heterogeneity on CT-Scans
- auteur
- Lama Dawi, Samy Ammari, Younes Belkouchi, Joya Hadchiti, L. Lawrance, F. Wirth, Aline Bertin, S. Morer, N. Billet, Corinne Balleyguier, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
- article
- ESMO 2023 - Congress of European Society for Medical Oncology, European Society for Medical Oncology, Oct 2023, Madrid, Spain. pp.S622, ⟨10.1016/j.annonc.2023.09.2161⟩
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-
- titre
- Spatio-Temporal Analysis of Patient-Derived Organoid Videos Using Deep Learning for the Prediction of Drug Efficacy
- auteur
- Leo Fillioux, Emilie Gontran, Jérôme Cartry, Jacques RR Mathieu, Sabrina Bedja, Alice Boilève, Paul-Henry Cournède, Fanny Jaulin, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou
- article
- ICCV workshop 2023, Oct 2023, Paris, France
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-
2022
Journal articles
- titre
- Inferring the initiation and development of myeloproliferative neoplasms
- auteur
- Gurvan Hermange, Alicia Rakotonirainy, Mahmoud Bentriou, Amandine Tisserand, Mira El-Khoury, François Girodon, Christophe Marzac, William Vainchenker, Isabelle Plo, Paul-Henry Cournède
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (37), ⟨10.1073/pnas.2120374119⟩
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-
- titre
- Prediction of Early Response to Immunotherapy: DCE-US as a New Biomarker
- auteur
- Raphael Naccache, Younes Belkouchi, Littisha Lawrance, Baya Benatsou, Joya Hadchiti, Paul-Henry Cournede, Samy Ammari, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
- article
- Cancers, 2022, 14 (5), pp.1337. ⟨10.3390/cancers14051337⟩
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-
2020
Journal articles
- titre
- Comprehensive landscape of immune-checkpoints uncovered in clear cell renal cell carcinoma reveals new and emerging therapeutic targets.
- auteur
- Diana Tronik-Le Roux, Mathilde Sautreuil, Mahmoud Bentriou, Jérôme Verine, Maria Belén Palma, Marina Daouya, Fatiha Bouhidel, Sarah Lemler, Joel Lemaoult, François Desgrandchamps, Paul-Henry Cournède, Edgardo D. Carosella
- article
- Cancer Immunology, Immunotherapy, 2020, 69 (7), pp.1237-1252. ⟨10.1007/s00262-020-02530-x⟩
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-
- titre
- Dynamic monitoring of software use with recurrent neural networks
- auteur
- Chloé Adam, Antoine Aliotti, Fragkiskos Malliaros, Paul-Henry Cournède
- article
- Data and Knowledge Engineering, 2020, 125, pp.101781. ⟨10.1016/j.datak.2019.101781⟩
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-
2017
Journal articles
- titre
- Validation of a functional-structural tree model using terrestrial Lidar data
- auteur
- Robert Beyer, Dominik Bayer, Veronique Letort, Hans Pretzsch, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2017, 357, pp.55 - 57. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2017.02.018⟩
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-
- titre
- Leaf density-based modelling of phototropic crown dynamics and long-term predictive application to European beech
- auteur
- Robert Beyer, Veronique Letort, Dominik Bayer, Hans Pretzsch, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2017, 347, pp.63 - 71. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2016.12.012⟩
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-
- titre
- Indices de Sobol généralisés aux variables dépendantes : tests de performance de l’algorithme HOGS couplé à plusieurs estimateurs paramétriques
- auteur
- Julien Sainte-Marie, Gautier Viaud, Paul-Henry Cournède
- article
- Journal de la Société Française de Statistique, 2017, 158 (1), pp.68-89
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-
- titre
- Leaf segmentation and tracking in arabidopsis thaliana combined to an organ-scale plant model for genotypic differentiation
- auteur
- Gautier Viaud, Olivier Loudet, Paul-Henry Cournede
- article
- Frontiers in Plant Science, 2017, 7, pp.1-14. ⟨10.3389/fpls.2016.02057⟩
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-
2016
Journal articles
- titre
- Bayesian parameter estimation for the Wnt pathway: an infinite mixture models approach
- auteur
- Konstantinos Koutroumpas, Paolo Ballarini, Irene Votsi, Paul-Henry Cournède
- article
- Bioinformatics, 2016, 32 (17), pp.i781 - i789. ⟨10.1093/bioinformatics/btw471⟩
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-
- titre
- Turgidity-dependent petiole flexibility enables efficient water use by a tree subjected to water stress
- auteur
- David Gonzalez-Rodriguez, Paul-Henry Cournède, Emmanuel de Langre
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2016, 398, pp.20-31. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.03.011⟩
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-
- titre
- Learning from User Workflows for the Characterization and Prediction of Software Crashes
- auteur
- Chloé Adam, Antoine Aliotti, Paul-Henry Cournède
- article
- 2016 IEEE 16th International Conference on Data Mining Workshops (ICDMW), 2016, pp.1023 - 1030. ⟨10.1109/ICDMW.2016.0148⟩
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-
Conference papers
- titre
- Modeling the inter-individual variability of single-stemmed plant development
- auteur
- Antonin Della Della Noce, Véronique Letort, Amandine Hansart, Charlotte Baey, Gautier Viaud, Sébastien Barot, Jean-Christophe Lata, Xavier Raynaud, Paul-Henry Cournède, Jacques Gignoux
- article
- International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Nov 2016, Qingdao, China. ⟨10.1109/fspma.2016.7818287⟩
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-
- titre
- A data augmentation scheme embedding a sequential Monte Carlo method for Bayesian parameter inference in state space models
- auteur
- Irene Votsi, Paul-Henry Cournède
- article
- 48èmes Journées de Statistique de la SFdS, May 2016, Montpellier, France
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-
2014
Journal articles
- titre
- A comprehensive methodology of global sensitivity analysis for complex mechanistic models with an application to plant growth
- auteur
- Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Complexity, 2014, 20, pp.219-232. ⟨10.1016/j.ecocom.2013.12.005⟩
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-
- titre
- Modeling tree crown dynamics with 3D partial differential equations
- auteur
- Robert Beyer, Véronique Letort, Paul-Henry Cournède
- article
- Frontiers in Plant Science, 2014, 5, pp.329. ⟨10.3389/fpls.2014.00329⟩
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-
- titre
- Sunlab: a Functional-Structural Model for Genotypic and Phenotypic Characterization of the Sunflower Crop
- auteur
- Fenni Kang, Paul-Henry Cournede, Jeremie Lecoeur, Véronique Letort
- article
- Ecological Modelling, 2014, 290, pp.21-33. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.02.006⟩
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- titre
- Model-Based Analysis-Synthesis for Realistic Tree Reconstruction and Growth Simulation
- auteur
- Corina Iovan, Paul-Henry Cournède, Thomas Guyard, Benoît Bayol, Dider Boldo, Matthieu Cord
- article
- IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 2014, 52 (2), pp.1438-1450. ⟨10.1109/TGRS.2013.2251467⟩
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-
- titre
- Data assimilation to reduce uncertainty of crop model prediction with convolution particle filtering
- auteur
- Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2014, in press. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.01.030⟩
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-
- titre
- Parametrization of five classical plant growth models applied to sugar beet and comparison of their predictive capacities on root yield and total biomass
- auteur
- Charlotte Baey, Anne Didier, Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2014, 290, pp.11-20. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2013.11.003⟩
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-
2013
Journal articles
- titre
- Development and Evaluation of Plant Growth Models: Methodology and Implementation in the PYGMALION platform
- auteur
- Paul-Henry Cournède, Yuting Chen, Qiongli Wu, Charlotte Baey, Benoît Bayol
- article
- Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2013, 8 (4), pp.112-130. ⟨10.1051/mmnp/20138407⟩
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-
- titre
- A sequential Monte Carlo approach for MLE in a plant growth model
- auteur
- Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, 2013, pp.online first. ⟨10.1007/s13253-013-0134-1⟩
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-
- titre
- Modelling the interindividual variability of organogenesis in sugar beet populations using a hierarchical segmented model
- auteur
- Charlotte Baey, Anne Didier, Lemaire Sébastien, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2013, 263, pp.56-63. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2013.04.013⟩
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Conference papers
- titre
- Towards an EDSL to enhance good modelling practice for non-linear stochastic discrete dynamical models Application to plant growth models
- auteur
- Benoit Bayol, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
- article
- SIMULTECH 2013, Jul 2013, Iceland. pp.132-138, ⟨10.5220/0004481101320138⟩
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-
- titre
- Optimal Control of Crop Irrigation based on the Hamilton-Jacobi-Bellman Equation
- auteur
- Jacques Ramanathan, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
- article
- SIAM Conference on Control and its Applications, Jul 2013, San Diego, United States. pp.21-28, ⟨10.1137/1.9781611973273.4⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Iterative convolution particle filtering for nonlinear parameter estimation and data assimilation with application to crop yield prediction
- auteur
- Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM): Control & its Applications 2013, Jul 2013, San Diego, United States. pp.CHEN, ⟨10.1137/1.9781611973273.10⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Sensitivity Analysis for Plant Models with Correlated Parameters: Application to the Characterization of Sun flower Genotypes
- auteur
- Qiongli Wu, Benoît Bayol, Fenni Kang, Jérémie Lecoeur, Paul-Henry Cournède
- article
- 7th International Conference on Sensitivity Analysis of Model Output, Jul 2013, Nice, France
- Accès au bibtex
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- titre
- Some sequential Monte Carlo techniques for Data Assimilation in a plant growth model
- auteur
- Yuting Chen, Samis Trevezas, Aman Gupta, Paul-Henry Cournède
- article
- Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Spain. in press
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- A nonlinear mixed effects model to explain inter-individual variability in plant populations
- auteur
- Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Barcelona, Spain
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- Assessment of Interactions in Complex Mechanistic Models using Global Sensitivity Analysis
- auteur
- Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
- article
- International Conference "Interactions in Complex Systems", Jun 2013, Orléans, France
- Accès au bibtex
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- titre
- Global sensitivity analysis of the NEMA model for its parameterization and biological diagnosis.
- auteur
- Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland
- Accès au texte intégral et bibtex
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- titre
- A comprehensive global sensitivity analysis for biological model diagnosis and parameterization: application to the NEMA model
- auteur
- Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
- article
- Seventh International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland
- Accès au bibtex
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- titre
- Modelling Competition in Crop Populations via Reaction-Diffusion Foliage Dynamics. With an Outlook on Tree Modelling
- auteur
- Robert Beyer, Paul-Henry Cournède
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.201-203
- Accès au bibtex
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