Publications HAL de Paul-Henry Cournède

2023

Journal articles

titre
Machine learning identifies a profile of inadequate responder to methotrexate in rheumatoid arthritis
auteur
Julien Duquesne, Vincent Bouget, Paul-Henry Cournede, Bruno Fautrel, Francis Guillemin, Pascal de Jong, Judith Heutz, Samuel Bitoun, Marloes Verstappen, Annette van der Helm-van Mil, Xavier Mariette
article
Rheumatology, 2023, 62 (7), pp.2402-2409. ⟨10.1093/rheumatology/keac645⟩
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https://hal.science/hal-03986625/file/3071.pdf BibTex
titre
BR55 Ultrasound Molecular Imaging of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Reflects Tumor Vascular Expression of VEGFR-2 in a Patient-Derived Xenograft Model
auteur
Jean Courcier, Ingrid Leguerney, Baya Benatsou, Sibylle Pochon, Isabelle Tardy, Laurence Albiges, Paul-Henry Cournède, Alexandre de la Taille, Nathalie Lassau, Alexandre Ingels
article
International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (22), pp.16211. ⟨10.3390/ijms242216211⟩
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titre
Optimizing IFN Alpha Therapy against Myeloproliferative Neoplasms
auteur
Gurvan Hermange, Paul-Henry Cournède, Isabelle Plo
article
Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics, 2023, 387 (1), pp.31-43. ⟨10.1124/jpet.122.001561⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-04308358/file/optimizing_final.pdf BibTex
titre
A biology-driven deep generative model for cell-type annotation in cytometry
auteur
Quentin Blampey, Nadège Bercovici, Charles-Antoine Dutertre, Isabelle Pic, Joana Mourato Ribeiro, Fabrice André, Paul-Henry Cournède
article
Briefings in Bioinformatics, 2023, 24 (5), ⟨10.1093/bib/bbad260⟩
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https://hal.science/hal-04287005/file/Blampey%202023.pdf BibTex
titre
Better than RECIST and Faster than iRECIST: Defining the Immunotherapy Progression Decision Score to Better Manage Progressive Tumors on Immunotherapy
auteur
Younes Belkouchi, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, Littisha Lawrance, Siham Farhane, Rahma Feki-Mkaouar, Joya Hadchiti, Lama Dawi, Julien Vibert, Paul-Henry Cournède, Clara Cousteix, Camille Mazza, Michele Kind, Antoine Italiano, Aurelien Marabelle, Samy Ammari, Stephane Champiat
article
Clinical Cancer Research, 2023, 29 (8), pp.1528-1534. ⟨10.1158/1078-0432.CCR-22-0890⟩
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Conference papers

titre
1022MO Predicting overall survival of patients with melanoma and NSCLC treated with immunotherapy using AI combining total tumor volume and tumor heterogeneity on CT-Scans
auteur
Lama Dawi, Samy Ammari, Younes Belkouchi, Joya Hadchiti, L. Lawrance, F. Wirth, Aline Bertin, S. Morer, N. Billet, Corinne Balleyguier, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
article
ESMO 2023 - Congress of European Society for Medical Oncology, European Society for Medical Oncology, Oct 2023, Madrid, Spain. pp.S622, ⟨10.1016/j.annonc.2023.09.2161⟩
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titre
Spatio-Temporal Analysis of Patient-Derived Organoid Videos Using Deep Learning for the Prediction of Drug Efficacy
auteur
Leo Fillioux, Emilie Gontran, Jérôme Cartry, Jacques RR Mathieu, Sabrina Bedja, Alice Boilève, Paul-Henry Cournède, Fanny Jaulin, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou
article
ICCV workshop 2023, Oct 2023, Paris, France
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https://hal.science/hal-04331446/file/iccv_bic_paper.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Inferring the initiation and development of myeloproliferative neoplasms
auteur
Gurvan Hermange, Alicia Rakotonirainy, Mahmoud Bentriou, Amandine Tisserand, Mira El-Khoury, François Girodon, Christophe Marzac, William Vainchenker, Isabelle Plo, Paul-Henry Cournède
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (37), ⟨10.1073/pnas.2120374119⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-03844872/file/PNAS22.pdf BibTex
titre
Prediction of Early Response to Immunotherapy: DCE-US as a New Biomarker
auteur
Raphael Naccache, Younes Belkouchi, Littisha Lawrance, Baya Benatsou, Joya Hadchiti, Paul-Henry Cournede, Samy Ammari, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
article
Cancers, 2022, 14 (5), pp.1337. ⟨10.3390/cancers14051337⟩
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https://hal.science/hal-03792594/file/cancers-14-01337.pdf BibTex

Conference papers

titre
Hyper-AdaC: Adaptive clustering-based hypergraph representation of whole slide images for survival analysis
auteur
Hakim Benkirane, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Ingrid-Judith Garberis, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède
article
ML4H 2022 - Machine Learning for Health, Nov 2022, New Orelans, France. pp.405-418
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https://hal.science/hal-04330534/file/benkirane22a.pdf BibTex

Book sections

titre
Approximate Bayesian Inference using the Mean-Field Distribution
auteur
Antonin Della Noce, Paul-Henry Cournède
article
Data Analysis and Related Applications 1: Computational, Algorithmic and Applied Economic Data Analysis, Volume 9, 1, Wiley, 2022, 9781394165513. ⟨10.1002/9781394165513.ch24⟩
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2021

Journal articles

titre
Automaton-ABC: A statistical method to estimate the probability of spatio-temporal properties for parametric Markov population models
auteur
Mahmoud Bentriou, Paolo Ballarini, Paul-Henry Cournède
article
Theoretical Computer Science, 2021, 893, pp.191-219. ⟨10.1016/j.tcs.2021.09.039⟩
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2020

Journal articles

titre
Comprehensive landscape of immune-checkpoints uncovered in clear cell renal cell carcinoma reveals new and emerging therapeutic targets.
auteur
Diana Tronik-Le Roux, Mathilde Sautreuil, Mahmoud Bentriou, Jérôme Verine, Maria Belén Palma, Marina Daouya, Fatiha Bouhidel, Sarah Lemler, Joel Lemaoult, François Desgrandchamps, Paul-Henry Cournède, Edgardo D. Carosella
article
Cancer Immunology, Immunotherapy, 2020, 69 (7), pp.1237-1252. ⟨10.1007/s00262-020-02530-x⟩
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titre
Dynamic monitoring of software use with recurrent neural networks
auteur
Chloé Adam, Antoine Aliotti, Fragkiskos Malliaros, Paul-Henry Cournède
article
Data and Knowledge Engineering, 2020, 125, pp.101781. ⟨10.1016/j.datak.2019.101781⟩
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2019

Book sections

titre
Reachability Design Through Approximate Bayesian Computation
auteur
Mahmoud Bentriou, Paolo Ballarini, Paul-Henry Cournède
article
Computational Methods in Systems Biology, pp.207-223, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-31304-3_11⟩
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2018

Conference papers

titre
Application of Weighted Regression for the Prediction of Soft Wheat Production in France
auteur
Xiangtuo Chen, Benoît Bayol, Paul-Henry Cournède
article
6th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA) 2018, Nov 2018, Hefei, China. pp.141-146, ⟨10.1109/pma.2018.8611566⟩
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2017

Journal articles

titre
Validation of a functional-structural tree model using terrestrial Lidar data
auteur
Robert Beyer, Dominik Bayer, Veronique Letort, Hans Pretzsch, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2017, 357, pp.55 - 57. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2017.02.018⟩
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titre
Leaf density-based modelling of phototropic crown dynamics and long-term predictive application to European beech
auteur
Robert Beyer, Veronique Letort, Dominik Bayer, Hans Pretzsch, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2017, 347, pp.63 - 71. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2016.12.012⟩
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BibTex
titre
Indices de Sobol généralisés aux variables dépendantes : tests de performance de l’algorithme HOGS couplé à plusieurs estimateurs paramétriques
auteur
Julien Sainte-Marie, Gautier Viaud, Paul-Henry Cournède
article
Journal de la Société Française de Statistique, 2017, 158 (1), pp.68-89
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https://centralesupelec.hal.science/hal-01630985/file/603-2304-1-PB.pdf BibTex
titre
Leaf segmentation and tracking in arabidopsis thaliana combined to an organ-scale plant model for genotypic differentiation
auteur
Gautier Viaud, Olivier Loudet, Paul-Henry Cournede
article
Frontiers in Plant Science, 2017, 7, pp.1-14. ⟨10.3389/fpls.2016.02057⟩
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https://hal.science/hal-01602596/file/2017_Viaud_Frontiers%20in%20Plant%20Science_1.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Bayesian parameter estimation for the Wnt pathway: an infinite mixture models approach
auteur
Konstantinos Koutroumpas, Paolo Ballarini, Irene Votsi, Paul-Henry Cournède
article
Bioinformatics, 2016, 32 (17), pp.i781 - i789. ⟨10.1093/bioinformatics/btw471⟩
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https://hal.science/hal-01817488/file/mainHALversion.pdf BibTex
titre
Turgidity-dependent petiole flexibility enables efficient water use by a tree subjected to water stress
auteur
David Gonzalez-Rodriguez, Paul-Henry Cournède, Emmanuel de Langre
article
Journal of Theoretical Biology, 2016, 398, pp.20-31. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.03.011⟩
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BibTex
titre
Learning from User Workflows for the Characterization and Prediction of Software Crashes
auteur
Chloé Adam, Antoine Aliotti, Paul-Henry Cournède
article
2016 IEEE 16th International Conference on Data Mining Workshops (ICDMW), 2016, pp.1023 - 1030. ⟨10.1109/ICDMW.2016.0148⟩
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https://hal.science/hal-01616232/file/learning-user-workflows_CA.pdf BibTex

Conference papers

titre
Modeling the inter-individual variability of single-stemmed plant development
auteur
Antonin Della Della Noce, Véronique Letort, Amandine Hansart, Charlotte Baey, Gautier Viaud, Sébastien Barot, Jean-Christophe Lata, Xavier Raynaud, Paul-Henry Cournède, Jacques Gignoux
article
International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Nov 2016, Qingdao, China. ⟨10.1109/fspma.2016.7818287⟩
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https://hal.science/hal-01490367/file/dellanoce2016.pdf BibTex
titre
A data augmentation scheme embedding a sequential Monte Carlo method for Bayesian parameter inference in state space models
auteur
Irene Votsi, Paul-Henry Cournède
article
48èmes Journées de Statistique de la SFdS, May 2016, Montpellier, France
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https://hal.science/hal-01355334/file/sfds_irene.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
A Regularized Particle Filter EM Algorithm Based on Gaussian Randomization with an Application to Plant Growth Modeling
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Methodology and Computing in Applied Probability, 2015, 17 (4), pp.847-870. ⟨10.1007/s11009-015-9440-0⟩
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https://hal.science/hal-00997732/file/IterativeRPF_PH1406.pdf BibTex
titre
A nonlinear mixed effects model of plant growth and estimation via stochastic variants of the EM algorithm.
auteur
Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Communications in Statistics - Theory and Methods, 2015, pp.00. ⟨10.1080/03610926.2014.930909⟩
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https://hal.science/hal-01068327/file/baey_et_al_revised2.pdf BibTex

Conference papers

titre
A Comparison of a Generic MCMC-Based Algorithm for Bayesian Estimation in C++, R and Julia. Application to Plant Growth Modeling
auteur
Gautier Viaud, Yuting Chen, Benoît Bayol, Paul-Henry Cournède
article
2015 Spring Simulation Multi-Conference The Society for Modeling & Simulation International, Apr 2015, Alexandria, United States
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https://hal.science/hal-01250999/file/hal.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
A comprehensive methodology of global sensitivity analysis for complex mechanistic models with an application to plant growth
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Complexity, 2014, 20, pp.219-232. ⟨10.1016/j.ecocom.2013.12.005⟩
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BibTex
titre
Modeling tree crown dynamics with 3D partial differential equations
auteur
Robert Beyer, Véronique Letort, Paul-Henry Cournède
article
Frontiers in Plant Science, 2014, 5, pp.329. ⟨10.3389/fpls.2014.00329⟩
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https://hal.science/hal-01272213/file/Beyer%202014%20Frontiers%20published.pdf BibTex
titre
Sunlab: a Functional-Structural Model for Genotypic and Phenotypic Characterization of the Sunflower Crop
auteur
Fenni Kang, Paul-Henry Cournede, Jeremie Lecoeur, Véronique Letort
article
Ecological Modelling, 2014, 290, pp.21-33. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.02.006⟩
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https://hal.science/hal-01272125/file/SUNLAB_two_VL.pdf BibTex
titre
Model-Based Analysis-Synthesis for Realistic Tree Reconstruction and Growth Simulation
auteur
Corina Iovan, Paul-Henry Cournède, Thomas Guyard, Benoît Bayol, Dider Boldo, Matthieu Cord
article
IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 2014, 52 (2), pp.1438-1450. ⟨10.1109/TGRS.2013.2251467⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00826023/file/TGRS_final.pdf BibTex
titre
Data assimilation to reduce uncertainty of crop model prediction with convolution particle filtering
auteur
Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2014, in press. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.01.030⟩
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https://hal.science/hal-00997728/file/EM_Chen_Final.pdf BibTex
titre
Parametrization of five classical plant growth models applied to sugar beet and comparison of their predictive capacities on root yield and total biomass
auteur
Charlotte Baey, Anne Didier, Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2014, 290, pp.11-20. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2013.11.003⟩
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https://hal.science/hal-00919753/file/baey_corr.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Development and Evaluation of Plant Growth Models: Methodology and Implementation in the PYGMALION platform
auteur
Paul-Henry Cournède, Yuting Chen, Qiongli Wu, Charlotte Baey, Benoît Bayol
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2013, 8 (4), pp.112-130. ⟨10.1051/mmnp/20138407⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00860902/file/Cournede_etal_2013_MMNP8_4_.pdf BibTex
titre
A sequential Monte Carlo approach for MLE in a plant growth model
auteur
Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, 2013, pp.online first. ⟨10.1007/s13253-013-0134-1⟩
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https://hal.science/hal-00796154/file/SMC-MLE_TrevezasCournede.pdf BibTex
titre
Modelling the interindividual variability of organogenesis in sugar beet populations using a hierarchical segmented model
auteur
Charlotte Baey, Anne Didier, Lemaire Sébastien, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2013, 263, pp.56-63. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2013.04.013⟩
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https://hal.science/hal-00819919/file/Baeyetal.pdf BibTex

Conference papers

titre
Towards an EDSL to enhance good modelling practice for non-linear stochastic discrete dynamical models Application to plant growth models
auteur
Benoit Bayol, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
SIMULTECH 2013, Jul 2013, Iceland. pp.132-138, ⟨10.5220/0004481101320138⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-01001669/file/bbayol_paper.pdf BibTex
titre
Optimal Control of Crop Irrigation based on the Hamilton-Jacobi-Bellman Equation
auteur
Jacques Ramanathan, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
SIAM Conference on Control and its Applications, Jul 2013, San Diego, United States. pp.21-28, ⟨10.1137/1.9781611973273.4⟩
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BibTex
titre
Iterative convolution particle filtering for nonlinear parameter estimation and data assimilation with application to crop yield prediction
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM): Control & its Applications 2013, Jul 2013, San Diego, United States. pp.CHEN, ⟨10.1137/1.9781611973273.10⟩
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https://hal.science/hal-00826052/file/1304_SIAM.pdf BibTex
titre
Sensitivity Analysis for Plant Models with Correlated Parameters: Application to the Characterization of Sun flower Genotypes
auteur
Qiongli Wu, Benoît Bayol, Fenni Kang, Jérémie Lecoeur, Paul-Henry Cournède
article
7th International Conference on Sensitivity Analysis of Model Output, Jul 2013, Nice, France
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BibTex
titre
Some sequential Monte Carlo techniques for Data Assimilation in a plant growth model
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Aman Gupta, Paul-Henry Cournède
article
Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Spain. in press
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https://hal.science/hal-00997736/file/article-ASMDA2013.pdf BibTex
titre
A nonlinear mixed effects model to explain inter-individual variability in plant populations
auteur
Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Barcelona, Spain
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https://hal.science/hal-00826175/file/baeyetal_asmda.pdf BibTex
titre
Assessment of Interactions in Complex Mechanistic Models using Global Sensitivity Analysis
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
International Conference "Interactions in Complex Systems", Jun 2013, Orléans, France
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BibTex
titre
Global sensitivity analysis of the NEMA model for its parameterization and biological diagnosis.
auteur
Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
article
7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland
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https://hal.science/hal-01456018/file/2013_Wu_Fspm2013_1.pdf BibTex
titre
A comprehensive global sensitivity analysis for biological model diagnosis and parameterization: application to the NEMA model
auteur
Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
article
Seventh International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland
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BibTex
titre
Modelling Competition in Crop Populations via Reaction-­Diffusion Foliage Dynamics. With an Outlook on Tree Modelling
auteur
Robert Beyer, Paul-Henry Cournède
article
7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.201-203
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BibTex

Other publications

titre
Simulation techniques for parameter estimation via a stochastic ECM algorithm with applications to plant growth modeling
auteur
Samis Trevezas, Sonia Malefaki, Paul-Henry Cournède
article
2013
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00798695/file/MCMC-ECM_TrevezasMalefakiCournede.pdf BibTex